A diferencia de lo que ocurre en otros países, en España los programas de ordenador no pueden ser objeto de registro como patente, dado que la Ley de Patentes los excluye expresamente como invenciones patentables.

Su regulación se encuentra en el Texto Refundido de la Ley de Propiedad Intelectual de 1996 que les dedica un capítulo especial. El programa de ordenador, así como la información documental que lo acompaña, está protegido por los derechos de autor, teniendo, salvo algunas particularidades, el mismo tratamiento que las obras literarias.

En España los derechos de autor surgen desde el momento mismo del trabajo de creación, sin que sea necesario registro alguno, lo que implica una protección automática. Sin embargo, siempre es posible depositar la obra en el Registro de la Propiedad Intelectual con la finalidad de servir como elemento probatorio frente a terceros ante eventuales violaciones del derecho de autor sobre programas.

La protección que se otorga a los programas de ordenador tiene una duración de 70 años desde el fallecimiento del autor si éste es una persona física. En el caso de las personas jurídicas, es de 70 años desde el día 1 de enero del año siguiente al de la divulgación lícita del programa, o al de su creación si no se hubiera divulgado.

Como si de una obra literaria o artística se tratara, el programa de ordenador genera una serie de derechos, unos de carácter económico, y otros de naturaleza "moral". Estos últimos son irrenunciables e inalienables, y permiten al autor, entre otras cosas, decidir si su obra ha de ser divulgada y en qué forma, así como exigir el reconocimiento de su condición de autor de la obra y el respeto a la integridad de la misma, su modificación y retirada del comercio.

A diferencia de lo que ocurre en otros ordenamientos jurídicos, en España la titularidad de los derechos se presume siempre a favor del creador de la obra, a no ser que ésta se haya creado en el curso de una actividad laboral. Cuando la obra se haya creado en el marco de un encargo, el titular del derecho será el mandante y no el autor.

No obstante lo anterior, debemos destacar la Propuesta de Directiva Comunitaria sobre Patentabilidad de Invenciones Ejecutadas por Ordenador, las cuales se definen como aquéllas para cuya ejecución se requiera la utilización de un ordenador, una red informática u otro aparato programable.

Una vez sea aprobada definitivamente la citada Directiva, los Estados Miembros de la Unión Europea deberán adoptar las disposiciones necesarias para dar cumplimiento a la misma en el plazo señalado a tal efecto.